L'Ifremer rassemble en son sein de nombreuses disciplines et compétences. Néanmoins, la production de connaissances et les activités de recherche menées par l’institut s'envisagent en partenariat avec les organismes de recherche et les universités.
Ce partenariat se déploie dans un cadre international et national et s'exprime par des actions en faveur de l'encadrement de doctorants et via une politique de site active.
Le Ministère de l’Éducation Nationale de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MENESR) a affirmé sa volonté de développer une politique de site géographique : les établissements d’enseignement supérieur et de recherche sont invités à coordonner leur politique de formation, de recherche et d’innovation sur tous les sites afin de donner plus de visibilité et d’attractivité à la Recherche et à l’Enseignement supérieur français.
L’Ifremer accueille chaque année des chercheurs étrangers pour de courts séjours (3 semaines à 3 mois), dans le cadre de coopérations scientifiques.
La Bibliothèque La Pérouse, commune à l'UBO, l'Ifremer et l'IRD & Archimer, l'archive institutionnelle de l'Ifremer.
